Fondul Ecologic Naţional (FEN) se formează din alocațiile anuale de la bugetul de stat și reprezintă totalitatea mijloacelor bugetare destinate finanţării programelor în domeniul protecţiei mediului înconjurător. Volumul FEN se aprobă prin legea anuală a bugetului de stat, iar sursele sunt gestionate de către Ministerul Agriculturii, Dezvoltării Regionale și Mediului (MADRM), în baza deciziilor aprobate de către Consiliul de Administrare al FEN. MADRM propune spre consultare proiectul hotărârii de Guvern privind aprobarea Regulamentului de administrare a Fondului Ecologic Național. Astfel, potrivit proiectului, acordarea finanțării din FEN se va efectua în baza proiectelor investiționale și neinvestiționale, înaintate de către autorităţile administraţiei publice locale, întreprinderi, instituții şi organizaţii, indiferent de forma lor de proprietate, precum și de către organizaţiile neguvernamentale, care se încadrează în programele de cheltuieli elaborate de minister. Domeniile pentru care se acordă finanțare din FEN vizează politicile și managementul în domeniul protecției mediului, protecția și gestionarea resurselor de apă, asigurarea accesului populației la apă potabilă calitativă și sanitație, protecția aerului atmosferic și a stratului de ozon, a resurselor de sol și subsol, conservarea biodiversității, gestionarea resurselor minerale, a deșeurilor și substanțelor chimice, monitoringul calității mediului, atenuarea schimbărilor climatice, securitatea ecologică și biologică și cercetări științifice în domeniul protecției mediului. Potrivit proiectului regulamentului, 90 % din mijloacele financiare ale FEN se utilizează pentru finanțarea proiectelor în domeniul protecției mediului, iar 10 % – pentru consolidarea capacităților autorităților de mediu și acoperirea cheltuielilor operaționale de administrare a FEN. Totodată, contribuţia financiară a solicitantului trebuie să fie de cel puţin 15% din costul total al proiectului şi poate fi acoperită atât de către solicitant, cât şi de alţi finanţatori. FEN este administrat de către Consiliul de Administrare, constituit din 9 persoane. În componența Consiliului vor fi incluși: ministrul MADRM, cu statutul de preşedinte, secretarul de stat al aceluiași minister (în domeniul protecției mediului și resurselor naturale), directorii Agenției de Mediu și Agenției „Apele Moldovei”, câte un reprezentant al Ministerului Finanţelor, Ministerului Economiei și Infrastructurii, Cancelariei de Stat, Congresului Autorităților Locale din Moldova și un reprezentant al societății civile. Totodată, în scopul eficientizării Fondului, se propune crearea în cadrul MADRM a Direcției managementul proiectelor finanțate din FEN, care va asigura organizarea activității Consiliului și managementul ciclurilor de proiecte finanțate de Fond. Această direcție, în baza strategiilor sectoriale de cheltuieli pe termen mediu, va elabora Planul operațional anual, care conține toate aspectele legate de viziunea de cheltuieli a FEN pentru un an, inclusiv repartizarea mijloacelor pe programe/ subprograme. Planul operațional anual pentru anul următor se aprobă de Consiliu după adoptarea de către Guvern a Cadrului Bugetar pe Termen Mediu, dar nu mai târziu de 30 septembrie. În cazul evidenţierii neajunsurilor în implementarea proiectelor şi neprezentării rapoartelor finale privind realizarea lor, se aplică procedurile juridice şi penale în vigoare. Totodată, beneficiarii proiectelor care au admis situațiile menționate vor fi incluși în „lista neagră” și nu vor mai putea să aplice la următoarele apeluri de proiecte finanțate de FEN până la înlăturarea definitivă a neajunsurilor și încălcărilor evidențiate. Implementarea proiectului nu prevede cheltuieli suplimentare decât finanțarea a 3 funcționari publici din cadrul Direcției managementul proiectelor finanțate din FEN. Notă: Amintim că persoanele juridice, indiferent de tipul de proprietate şi forma juridică de organizare şi persoanele fizice care desfășoară activitate de întreprinzător, a căror activitate economică este generatoare de poluanți sunt obligați să achite plata pentru poluarea mediului. Această taxă nu se include însă în Fondul Ecologic Național, dar, potrivit art. 14 din Legea privind plata pentru poluarea mediului, se achită la bugetul de stat, iar subiecții prezintă Serviciului Fiscal de Stat Darea de seamă privind taxa pentru mărfurile care, în procesul utilizării, cauzează poluarea mediului.