Autentificarea în cadrul sistemului se efectuează prin intermediul serviciului guvernamental de autentificare și control (MPass). Contribuabilii pot utiliza SIA „e-Factura”, manifestându-se în rolurile de „Furnizor”, „Cumpărător” și  „Transportator”.

Regulamentul prevede utilizarea atât a „ciclului lung”, cât și a „ciclului scurt” de viață a facturii fiscale. În cazul utilizării „ciclului lung” completarea, semnarea, transmiterea și recepționarea facturilor fiscale electronice se efectuează prin intermediul SIA „e-Factura”. Originalul facturii fiscale emise prin ciclul lung se consideră a fi documentul electronic, iar exemplarele imprimate pe suport de hârtie se consideră a fi copii.

În același timp, la utilizarea „ciclului scurt” de viață a facturii fiscale, în cazul în care în SIA „e-Factura” este înregistrat doar „Furnizorul”, precum și în cazul în care alți participanți sunt înregistrați în sistem, însă nu și-au manifestat acceptul de a primi facturi fiscale în formă electronică în raport cu „Furnizorul” respectiv, factura fiscală se va crea și va fi semnată în formă electronică de către „Furnizor”, după care acesta o va tipări pe suport de hârtie, o va semna cu semnătură olografă și o va transmite celorlalte părți (Transportator, Cumpărător) spre acceptare și semnare olografă.

În cazul livrării serviciilor, semnătura olografă pe exemplarul furnizorului nu este obligatorie. Originalul facturii fiscale emise prin „ciclul scurt” se consideră a fi documentul imprimat pe suport de hârtie, care va conține semnătura olografă a „Furnizorului”, care a semnat electronic pentru obținerea seriei și numărului facturii fiscale, care se generează de sistem în mod automat în procesul aplicării semnăturii electronice de către „Furnizor” în cadrul SIA „e-Factura”, atât pentru facturile fiscale semnate în cadrul SIA „e-Factura”, cât și prin API (un set de definiții de sub-programe, protocoale si unelte pentru programarea de aplicații şi software).

Data livrării facturii fiscale poate fi stabilită de către contribuabil atât în trecut, cât și în viitor, ținându-se cont de data efectivă a livrării mărfurilor/serviciilor. Data eliberării și/sau data livrării pot fi modificate centralizat pentru mai multe facturi fiscale noi create.

La recepționarea de către „Cumpărător” a facturii fiscale electronice expediate de către „Furnizor” prin SIA „e-Factura”, acesta o poate respinge, poate expune acceptul prealabil sau să o accepte prin aplicarea semnăturii electronice de autentificare.

Regulamentul descrie și procedura de anulare a facturilor fiscale, care poate fi efectuată doar de către contribuabilul „Furnizor” care a emis facturile fiscale. SIA „e-Factura” asigură posibilitatea anulării cu indicarea motivului  atât în cazul ciclului scurt cât și în cazul ciclului de viață lung și se realizează cu acceptul ambelor părți implicate în tranzacție.

Corectarea facturii fiscale presupune anularea cele întocmite și semnate cu date eronate sau necesare a fi ajustate, crearea unei noi facturi fiscale conform procedurii reglementate, unde data livrării mărfurilor/serviciilor va corespunde cu data livrării conform facturii fiscale anulate, iar data eliberării facturii fiscale va fi indicată data perfectării nemijlocite a facturii fiscale, cu întocmirea unei note contabile, care se atașează în compartimentul „Documente anexate”.

Facturile fiscale generate în SIA „e-Factura” se înregistrează în Registrele de procurări și de vânzări și în Anexele la Declarația privind TVA în modul stabilit de legislația în vigoare.

Potrivit Ordinului publicat, se abrogă Ordinul Inspectoratului Fiscal Principal de Stat nr. 562 din 04.04.2014 cu privire la aprobarea Regulamentului cu privire la sistemul informațional automatizat de creare și circulație a facturilor fiscale electronice „e-Factura”.