Agenția va avea ca misiuni : dezvoltarea metodologiilor pentru implementarea politicilor și a programelor naționale din domeniul de tineret,  organizarea și coordonarea procesului de monitorizare și evaluare a serviciilor pentru tineri prestate de centrele de tineret și instituțiile de lucru cu tinerii, asigurarea realizarea studiilor și cercetărilor, precum și colectarea și analiza datelor statistice din domeniul de tineret, participarea la elaborarea cadrului normativ în domeniu și la armonizarea acestuia cu practicile europene și internaționale etc.

Instituția va fi condusă de un director, numit de către ministrul educației, culturii și cercetării.

Mijloacele financiare ale Agenției vor fi formate din mijloacele financiare alocate anual din bugetul de stat, resursele proiectelor finanțate din surse externe, venituri colectate, precum și alte surse ce nu contravin legislației Republicii Moldova.