Deși instituțiile responsabile au depus eforturi pentru realizarea obiectivelor asumate în gestionarea mijloacelor Fondului Național pentru Dezvoltare Regională, totuși, sistemul actual de implementare și monitorizare a proiectelor de dezvoltare regională necesită acțiuni imperative de îmbunătățire, se menționează în Hotărârea Curții de Conturi cu privire la Raportul auditului performanței Fondului. Potrivit documentului, procedurile de audit realizate au identificat probleme și deficiențe în gestionarea mijloacelor Fondului, care au afectat eficacitatea gestionării mijloacelor alocate, precum și atingerea obiectivelor și indicatorilor propuși în cadrul proiectelor. Astfel, s-a constatat că, deși au fost inițiate unele acțiuni în vederea perfecționării cadrului legislativ și normativ în domeniul dezvoltării regionale, acestea nu s-au finalizat. Totodată, se atestă lipsa coordonării politicii de dezvoltare regională cu intervențiile similare gestionate de alte autorități la nivel de documente strategice care o vizează. În același timp, un impediment în implementarea proiectelor de dezvoltare regională îl constituie capacitățile reduse de cofinanțare a proiectelor din partea autorităților publice locale, precum și pregătirea insuficientă a documentației tehnice a proiectelor. Misiunea a mai identificat că modul actual de selectare a proiectelor este defectuos, în rezultat fiind acceptate proiecte de importanță locală pentru implementarea cărora s-au utilizat ineficient din Fondul Național pentru Dezvoltare Regională mijloace financiare în sumă de 225,9 mil. lei, precum și proiecte care includ activități neeligibile, în valoare de circa 9,0 mil. lei. Totodată, suma de 43,1 mil. lei a fost utilizată ineficient pentru implementarea unor proiecte care nu au continuitate, beneficiarii de proiecte își concentrează eforturile doar asupra obiectivelor planificate și mai puțin pe promovarea avantajelor care urmează a fi obținute, ceea ce subminează pe termen mediu și pe termen lung capacitatea acestor investiții de a contribui la dezvoltarea social-economică a localităților și regiunilor beneficiare, afectând durabilitatea rezultatelor proiectelor. În hotărâre se mai menționează că două proiecte implementate din mijloacele Fondului au fost atribuite eronat la una din direcțiile prioritare stabilite în Strategia Națională de Dezvoltare Regională, astfel fiind modificată destinația mijloacelor financiare din contul Fondului în sumă totală de 37,7 mil. lei.